Das Schloss Bournel ist im Besitz des Markgrafen de Moustier, einer alte Familie der Franche-Comté. 1496 kam das Gut Bournel durch die reiche Heirat von Jean de Moustier mit Marguérite de Granvillars in den Besitz der Familie.

Der erste Markgraf Philippe-Xavier (1741) beschloss mit seiner Frau Louise von Bournel den Bau eines Schlosses in Cubry; nach der Ausführung umfangreicher Gebäude – welche heute als „Altes Schloss“ bezeichnet werden – wurde das Projekt des eigentlichen Schlosses abgebrochen. Der Urenkel Philippe-Xaviers, Léonel de Moustier, 5. Markgraf, Diplomat von hohem Rang, beschloss 1860, mit den Plänen des Architekten Clément Parent, Schüler von Viollet-le-Duc, den Bau eines modernen, neugotischen Schlosses.

Nach dem frühen Tod von Léonel de Moustier 1869, beendete dessen Sohn Pierre-René die Innenausstattung des Schlosses und errichtete – inspiriert von der Kapelle des Loire-Schlosses Amboise - eine Kapelle, und zeichnet den Entwurf der im französischen Stil gestalteten Gartenanlage im Innenhof und legt den herrlichen englischen Landschaftsgarten mit seinem ungewöhnlich reichen Baumbestand an. Unter seinen Anweisungen wird in den Jahren 1890/1910 das sogenannte « Alte Schloss » umgebaut und vergrössert, und erhält damit seine jetzige Gestalt.